自20世纪80年代初村民自治兴起，到1997年“十五大”首次把村民自治的基本内容写进了党的报告，村民自治已成为我国社会主义民主政治制度的一项重要内容。而经过近三十年的发展革新，在农村基层民主建设取得了长足进步，村民自治已深入人心的同时，我们也看到了它在运行过程中存在的一些问题。
一、法律法规制度设计有待进一步完善。如选民资格界定标准问题。《村委会组织法》对什么是村民没有给予界定，因此对于应迁未迁户、挂靠户口、人户分离、外嫁女、外出打工人口等情况是否认定为选民，各村委会认定标准不统一。另外，在“四个民主”建设中，无论是《村委会组织法》还是人大的监督，基本只围绕民主选举，对民主决策、民主管理、民主监督的制度化建设相对滞后，成为基层民主自治中的薄弱环节。
二、部分村民的民主和法律意识有待进一步提高。根据我们在浙江舟山的调查，有近30%的村民并非自发参加选举，更有小部分村民参选是为了与竞选人拉关系，以便日后为自己谋取利益。在选举中个别地方出现摆宴席、送酒烟、甚至送钱等各种拉票现象，村民中还流传这样一句顺口溜：“请客就到，送礼就要，选不选不知道”。另外在投票过程中交杂着宗派家族利益和私下交情，出现了投“金钱票”、“宗族票”、“人情票”情况。
三、村级经济发展水平高低直接影响村民自治的运作和发展。调查中，经济发展水平高、村级集体经济较好的村，村民参与民主自治相对积极，相反，村民参与的意愿就低；不少村干部反映现在的村民工作不好做，有些农民只重眼前利益和个人利益，不接受村干部的引导，使长远有利的决定无法贯彻实施。这实际上反映了村民对村干部所实行政策前景的不确定。经济利益是村干部和村民的胶合剂，没有经济利益，村干部没动力，村民没兴趣。即使选出了村委会，也只是个摆设。
四、工作方式方法有待进一步改进。少数乡镇干部工作方法简单、程序操作缺乏规范性，对整个选举工作缺乏通盘考虑。同时，少数干部不注重细节问题处理，造成工作比较被动，个别同志依法选举意识不够强，对荐贤选能的认识不足，过于强调组织意图。
此外，直接参政议政的农村妇女总体上仍存在着比例小、人数少、能力弱、层次低、配角多的问题，女村支部书记、女村委会主任等是凤毛麟角。对于女干部专职专选，相当一部分村民认为村级班子中应设一名女干部的规定存在着唯结构化配备女性领导干部倾向，是侵害其民主权利，从而在选举中极力抵制。
为巩固党在农村的领导地位和执政基础，加快农村基层民主法制建设的步伐，我们建议：
一、加强领导，明确职责，确保农村基层民主建设健康发展。首先要把依法保障村民自治工作列入地方党委、政府的重要议事日程，作为重点工作统一部署和考核。要加大对农村基层民主建设的资金投入，解决好村民自治中所涉及的人力、物力、财力等问题。其次要对乡镇实施依法责权定位工作,正确处理新形势下的乡村关系，探索乡镇政府指导村民委员会的有效途径，提高农民的自我组织、自我管理能力。再次，各级党委要加大对村民的法律、法规、政策的宣传力度，增强他们的民主法制意识，树立正确的权利观念和履行义务的自觉性，依法维护自己的合法权益。
二、进一步制定和完善有关法律法规。村民自治的立法必须适应新形势，跟上时代的变化，要及时出台或修订村民自治的法律、法规，从法律上保障村民自治的实施。在修订相关法律条文时，可将2004年颁布的《中共中央办公厅、国务院办公厅关于健全和完善村务公开和民主管理制度的意见》作为法律条文加以补充，增强《村民委员会组织法》的可操作性。对于村委会选举中出现的不少干扰、破坏选举的行为，尤其是贿选，要加强研究界定，依照有关刑法规定严厉打击。
三、进一步加强制度创新。搞好村民自治，制度建设是根本。建议借鉴浙江省岱山县实施的“户代表会议”制度：它以 “一户一票”作为投票方式，推行农户为单位的权利，体现农户的决策权、管理权和监督权，是对“村民会议、村民代表会议”制度的补充和拓展，为加强农村基层民主建设注入了新的生机和活力。同样，浙江省武义县后陈村在村务监督上创新的“后陈经验”，也取得了很好的成效。这些地方的经验，值得很好的总结推广。
四、进一步完善村民自治的运行机制。党支部是农村的领导核心，村民委员会是基层群众性自治组织，要进一步理顺党支部与村委会的关系。同时完善三项制度：一是进一步规范村务公开，落实村民知情权和监督权。村民理财小组有权对每项财务收支进行审定，严格把关，要做到公开内容统一，公开程序规范，帐帐、帐款、帐表、帐实、帐据五相符。二是进一步完善代表评议，保证村民当家作主。三是对村干部实行问责。村干部经村党员、村民代表评议，凡满意率低于60%的即为不合格。对在村级重大决策和管理中违反程序，独断专行，以及因工作失误造成重大损失的干部，或者连续两次被评为不合格的村干部，是党员的按党内有关规定给予相应的纪律处分；是村委会成员的，应责令辞职，不辞职的应启动罢免程序，依法予以罢免。
