（一）三权分立方面。“三会”机构设置旨在实现集体经济组织内部决策权、执行权、监督权的三权分立和相互制约。但实际运行过程中，董事会，甚至是董事长，一权独大的现象仍较普遍。尤其是股东代表大会集体决策的制度执行不力，因为从制度设计来说，股东代表大会一般由董事会提议，而董事会对召开股东代表大会基本持“不得已而为之”的心态，很多股份经济合作社的股东代表大会也沦为年初或年底的“每年一次”会议。
（二）民主选举方面。整体存在两种不良的极端现象：一方面，在集体经济薄弱的纯农村地区，股东对集体经济发展与管理的关注度较低，缺乏对民主管理制度建设严肃性和重要性的认识，参与民主自治管理与监督的积极性不强，在换届选举中，往往因为沾亲带故，甚至是一包烟、一桶油，就随意填写选票，或请人代填选票。另一方面，在集体经济发达的城市近郊地区，由于经济发展迅速、利益触动较大，股东对选票很重视，甚至视为筹码，往往从个人利益、家族利益、小组利益、帮派利益出发，甚至以帮助解决自家历史遗留、征迁补偿、股份享受等问题作为交换条件。
（三）民主决策方面。虽然有了“民主决策”的制度原则，但相对来说仍比较原则和笼统。在实践中，由于缺乏更细化更明确的应履行民主决策程序的事项标准和分类，极易出现以董事会决议代替股东（股东代表）大会决议、以多项事务捆绑式表决代替重大事项单项表决、决议事项与表决签名不对应等现象，甚至有以会议签到率代替表决率、会议通报代替会议决议、用一份表决签名书复印后反复充数等现象，致使民主决策效力大打折扣。
（四）民主监督方面。由于相关法律法规不配套、不明确、不具体，可操作性不强，目前多数地区董事会成员都能实现专职，而监事会成员中，除了由居委会纪委书记兼任的监事会主任以外，其他人基本为兼职岗位，只享受每年2000元-5000元左右的误工补贴。这种不能实现专职专酬管理的岗位，一方面不能更好地发挥民主监督作用，另一方面也很难吸引具有专业素质的人才参选，很难实现有效监督。在民主公开方面，通过遮挡公开栏、不及时公开、模糊财务开支内容等手段，实行障碍式公开、选择性公开、模糊性公开现象屡禁不止。
（五）行政监管方面。近年来，各级各地对农村集体经济的发展越来越关注，行政监管的要求与标准也越来越高，越来越严，如实行会计委托代理、集体产权交易公开招投标、控制非生产性开支等。但在制度执行方面，一部分管理者往往从“法律规定村集体经济组织是基层群众自治组织，实施民主管理”、“股份经济合作社是企业化管理”等出发，具体事项以董事会或股东代表大会已经集体决议为理由，对相关行政监管制度持不赞同、消极执行的态度。
针对这些问题，我们建议：
一、完善相关制度设计。国家层面，加强顶层制度设计，出台对农村集体经济的专项管理制度。省级层面，截至2015年底已基本完成股份合作制改革，但仍参照执行的是1993年制定、2007年修订的《浙江省村经济合作社组织条例》，已不能很好地适应“股份化”的村级股份经济合作社。2016年5月1日起实施的《浙江省农村集体资产管理条例》重点对资产经营管理予以了及时准确的规范，但在不少方面仍需做出全面、明确的政策指导。此外，应细化配套管理标，尤其是要从罚则和负面清单方面，就禁止行为明确处罚部门、处罚方式等。
二、改进民主决策体系。完善分级表决，对股份经济合作社需民主决策事项，实行分级授权，以提高民主决策效率。如合作社立并等重大事宜提经股东大会表决，“两会”成员选举任免、股东成员增减、财务预决算与收益分配方案、10%留用地等重大项目开发投资、定额以上资本投资、集体资产所有权转让等授权给股东代表大会，而定额以下资本投资、集体资产使用权转让、中小型工程建设等一般性事务，直接授权给董事会。探索人股结合，从推进其企业化运作、市场化发展出发，以促进股权流转为突破口，改进现行的“一人一票”制，探索按人和按股份占比相结合的决策机制，并逐步向股权权重表决制发展，从而推动农村产权制度改革的深化。
三、健全民主监督体系。一是实行监事会专职。要从设立固定场所、明确全职工作制度、明确权利义务、保障人员待遇、吸引专业人才等各方面，使监事会这一机构实现常设、专职专岗。二是加强行政监管。针对基层管理制度执行意识差、效果打折扣问题，以民主决策、民主理财、民主公开为重点，对董事会、监事会工作职责履行情况，建立日常行政监督检查通报制度。三是强化审计监督。按照审管分离原则，提高审计监督密度，以区县、街道为主体，委托专业中介机构审计，对村级集体经济实行财务收支“一年一审”、干部离任即时审、热点问题应需审、专用资金专项审“四审结合”制度，加强专业监督。
四、推进专业化管理。一是实施股社分离。《浙江省农村集体资产管理条例》明确了村级集体经济组织可按程序终止的四方面条件，其中“社区基本公共服务实现城乡一体化和均等化”势必需要很长一个时期。过渡阶段，先实施股社分离，建立股份经济合作社管理人员的职责、考评、保障等专项体系，更有利于推进其科学发展。二是建立专业人才外引机制。克服股份经济合作社董事会、监事会成员内部产生、人才选拔视野有限和专业管理、有效监督能力欠缺的“先天不足”，鼓励建立职业经理人等制度，为提高经营管理水平开辟渠道。三是建立绩效管理机制。推行市场化年薪制，建立董事会成员风险责任金制度和经营管理绩效考核制度。
